·对照RNAi质粒按照靶基因的来源可分为内源性和外源性对照RNAi质粒，例如绿色荧光蛋白(GFP)和萤火虫荧光素酶等报告基因的siRNA为外源性对照RNAi质粒，而GAPDH、beta-actin等基因的RNAi质粒属于内源性对照RNAi质粒。

·需要注意的是外源性对照RNAi质粒一般应与相应的外源性基因表达载体一起输入靶细胞或靶组织，同时还应设立一个阴性组即只转染外源性基因的载体和/或阴性对照RNAi质粒。

·与某些文献报道所用阴性对照siRNA设计方法不同，例如将靶基因siRNA序列错配或颠倒若干碱基位置，上海吉凯提供的普适型阴性对照RNAi质粒，适用于所有内源基因或报告基因。普适型阴性对照RNAi质粒(CMV)适用于转染真核细胞，可表达的siRNA的序列不会与任何内源基因或常见报告基因序列完全匹配。该质粒以新霉素抗性基因作为筛选标记，可用于构建稳定表达阴性对照shRNA的细胞株。该质粒用于转录shRNA的启动子是经改建的CMV启动子。