·对照RNAi质粒按照靶基因的来源可分为内源性和外源性对照RNAi质粒，例如绿色荧光蛋白(GFP)和萤火虫荧光素酶等报告基因的siRNA为外源性对照RNAi质粒，而GAPDH、beta-actin等基因的RNAi质粒属于内源性对照RNAi质粒。

·需要注意的是外源性对照RNAi质粒一般应与相应的外源性基因表达载体一起输入靶细胞或靶组织，同时还应设立一个阴性组即只转染外源性基因的载体和/或阴性对照RNAi质粒。

·3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是葡萄糖代谢中的一种酶，是核酸和蛋白定量实验中常用的内参照基因。大鼠GAPDH RNAi质粒适用于转染真核细胞，可表达针对大鼠GAPDH的siRNA。该质粒以新霉素抗性基因作为筛选标记，可用于构建稳定表达靶基因shRNA的细胞株。该质粒在CMV的驱动下可表达绿色荧光蛋白(GFP)，可用作示踪剂和转染效率检测。该质粒用于转录shRNA的启动子是人源H1。